Struktura aparatu skarbowego opiera się na aparacie poboru podatków. Ten z kolei składa się z dwóch organów administracyjnych: urzędy skarbowe oraz izby skarbowe. Najmniejszymi organami rządowej administracji specjalnej w zakresie lokalnym są urzędy skarbowe kontrolowane przez izby skarbowe. Komórki organizacyjne mogą posiadać kształt oddziału, referatu lub miejsca pracy. Na ich czele stoi naczelnik urzędu skarbowego.
Organami wyższego stopnia o zasięgu wojewódzkim są izby skarbowe. Dowodzi nimi dyrektor. Dodatkowo do standardowych obowiązków izb należy: kontrola nad urzędami skarbowymi oraz orzecznictwo w drugiej instancji w sprawach podatkowych należności budżetowych, kar skarbowych, oraz egzekucja zapłat pieniężnych i kar. Izby skarbowe są również zobowiązane do sprawowania czynności związanych z sporządzaniem inspekcji podatkowej, dewizowej i finansowej oraz inspekcja rocznych sprawozdań finansowych firm państwowych i pozostałych państwowych jednostek organizacyjnych. Kontrolują także własności profesjonalnych biegłych księgowych w działalnościach gospodarczych i zakładach objętych tą kontrolą.
