MP ma możliwość wybrania metody kasowej jako formy rozliczeń z tytułu zobowiązań podatkowych. Polega ona na tym, że obowiązek podatkowy powstaje w dniu zapłaty zobowiązania w całości bądź w części. W przypadku gdy sprzedaż dla podatnika zwolnionego z VAT nie później jednak niż do 180 dnia od daty wydania towaru lub wykonania usługi. Jeżeli sprzedaż czynnemu podatnikowi - zawsze w dacie zapłaty. Stosowanie tej metody wiąże się z uprzednim pisemnym powiadomieniem naczelnika odpowiedniego urzędu skarbowego o wyborze tej formy opodatkowania do końca miesiąca poprzedzającego okres, od którego mały podatnik chce z tej metody korzystać. Następnie będzie on zobligowany do kwartalnego sporządzania deklaracji VAT i przedkładania tej deklaracji urzędowi do 25 dnia miesiąca następującego po upływie danego kwartału. Podatnik może zrezygnować z tej formy rozliczania, jednak nie wcześniej niż po upływie 12 miesięcy, w ciągu których rozliczał się tą metodą. Natomiast, jeśli przekroczył limit ustalany dla MP, wówczas prawo do korzystania z tej metody traci od miesiąca następującego po kwartale, w którym to prawo stracił. Metoda kasowa zezwala MP do pomniejszania kwoty podatku należnego o VAT naliczony, w sytuacji gdy należności zostały uregulowane w całości albo w części.